آزمایشگاه میکروبیولوژی محیطی و بالینی واقع در مجموعه‌ی آزمایشگاهی دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه) به منظور بررسی مشکل‌های زیست محیطی و ابنیه‌ی تاریخی، مقاومت آنتی‌بیوتیکی باکتری‌ها به‌ویژه جنس سودوموناس و نیز تاثیر میکروارگانیسم‌ها به عنوان پروبیوتیک در زندگی و سلامت انسان تاسیس شده است. این آزمایشگاه با بهره‌گیری از امکاناتی همچون انواع سانتریفیوژ (معمولی و های اسپید)، هودهای لامینار، انکوباتور، شیکر انکوباتور، اتوکلاو، آب‌مقطرگیری، اسپکتروفوتومتر، بن‌ماری، انواع میکروسکوپ (نوری، فلورسانس، استریومیکروسکوپ) و... به دانشجویان تحصیلات تکمیلی در زمینه‌ی پیش‌برد پروژه‌های علمی خود کمک می‌کند.