آزمایشگاه میکروبیولوژی صنعتی واقع در مجموعه آزمایشگاه های دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه) محل برگزاری آزمایشگاه آموزشی میکروبیولوژی مواد غذایی است. با استفاده از امکانات و تجهیزات موجود در این آزمایشگاه، سرفصل‌های تعیین شده‌ی وزرات علوم که شامل بررسی میکروبی شیر و فرآورده‌های آن، بررسی میکروبی فرآورده‌های پروتئینی (مانند سوسیس)، بررسی میکروبی شیرینی تر، بررسی میکروبی کنسرو و کمپوت، بررسی میکروبی فرآورده‌های تخمیری (ترشی و خیارشور) و... است، به صورت عملی آموزش داده می‌شود تا دانشجویان برای حضور و فعالیت در مراکز صنعتی غذایی مهارت لازم را کسب کنند و آماده شوند.