آزمایشگاه میکروبیولوژی صنعتی واقع در مجموعه‌ی آزمایشگاهی دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه) با هدف تحقیق و بررسی کاربرد میکروارگانیسم‌ها در فرآیندهایی نظیر زیست پالایی و حذف فلزات سنگین، سیستم های تخمیری، استخراج و خالص سازی متابولیت‌ها، شناسایی آلودگی‌های محیط زیست و راه‌های مقابله با آنها همچنین کاربرد متابولیت‌های میکروبی در زیست فناوری راه‌اندازی شده است. این آزمایشگاه با استفاده از دستگاه‌ها وتجهیزات گسترده توانسته است بستر مناسبی را برای انجام پروژه‌های تحقیقاتی دانشجویان کارشناسی ارشد، دکتری و پسا دکتری در مجموعه آزمایشگاهی دکتر سپهر فراهم آورد. انواع دستگاه های سنجش و آنالیز مانند اسپکتروفوتومتری، ترموسایکلر، ترازوهایی با مقیاس‌های مختلف، الایزا ریدر، pH متر، انواع میکروسکوپ، سانتریفیوژ، میکروفیوژ و دستگاه‌های نگهدارنده دما و رطوبت برای رشد میکروارگانیسم‌ها از جمله فور، بن ماری، شیکرها و هودهای آزمایشگاهی و بسیاری از وسایل استاندارد اولیه از جمله امکانات مربوط به این آزمایشگاه هستند.