آزمایشگاه میکروبیولوژی محیطی- بالینی، واقع در مجموعه‌ی آزمایشگاهی دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه)، پذیرای دانشجویان مقطع کارشناسی ارشد و دکتری است. دانشجویان فعال در این آزمایشگاه، تحت نظارت و سرپرستی خانم دکتر پریسا محمدی و خانم دکتر احیاء عبدی عالی؛ پژوهش‌های خود را در زمینه‌ی آثار تاریخی و میراث فرهنگی، محیط‌زیست (آب، خاک و هوا)، میکروبیوتای فیبروز سیستیک در کودکان، بیوفیلم، مقاومت‌های میکروبی و... به انجام می‌‌رسانند. این آزمایشگاه مجهز به تجهیزاتی همچون هودهای زیستی، انکوباتورهای شیکردار، اولتراسانتریفیوژ، حمام سونیکاتور، دستگاه DGGE و... است که برای پیشبرد اهداف تحقیقاتی دانشجویان استفاده می‌شود.