آزمایشگاه میکروبیولوژی صنعتی، واقع در مجموعه‌ی آزمایشگاهی دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه)، پذیرای دانشجویان مقطع کارشناسی ارشد، دکتری و پسادکتری است. دانشجویان فعال در این آزمایشگاه، تحت نظارت و سرپرستی آقای دکتر محمدرضا صعودی و آقای دکتر علی محمدی؛ پژوهش‌های خود را در زمینه‌ی زیست‌پالایی، تخمیربیوپلیمرها و مواد زیست فعال، نانوذرات میکروبی، پوشش‌های خوراکی ضد میکروب، مواد آنتی‌میکروبیال، نانوکپسولاسیون و... به انجام می‌‌رسانند. این آزمایشگاه مجهز به تجهیزاتی همچون هودهای زیستی، انکوباتورهای شیکردار، سانتریفیوژ، الایزاریدر، فریزدرایر، ترموسایکلر گردایان و... است که برای پیشبرد اهداف تحقیقاتی دانشجویان استفاده می‌شود.