آزمایشگاه سیانوباکتری، واقع در مجموعه‌ی آزمایشگاهی دکتر سپهر (سایت شرقی دانشگاه)، پذیرای دانشجویان مقطع کارشناسی ارشد و دکتری است. دانشجویان فعال در این آزمایشگاه، تحت نظارت و سرپرستی خانم دکتر پریسا محمدی؛ پژوهش‌های خود را به طور اختصاصی در زمینه‌ی سیانوباکتری‌ها و نقش آن‌ها در پالایش‌های زیست‌محیطی به انجام می‌‌رسانند. این آزمایشگاه مجهز به تجهیزاتی همچون هود زیستی، انکوباتور شیکردار، انواع میکروسکوپ و... است که برای پیشبرد اهداف تحقیقاتی دانشجویان استفاده می‌شود.